1990
Don Oreste, fra i primi in Italia, inizia il suo impegno per liberare le donne vittime di tratta e costrette alla Prostituzione.

1991
Alcune strutture della Comunità diventano sostitutive al Carcere per Minori.

1992
Con il conflitto in ex-Jugoslavia alcuni giovani obiettori di coscienza della Comunità provano a vivere la nonviolenza in zona di guerra e a condividere la vita di chi è costretto a subire i conflitti. Prende vita così l'Operazione Colomba, corpo non-violento di pace.

1994
Don Oreste Benzi, vista la diffusione su scala mondiale della Comunità Papa Giovanni XXIII, in qualità di fondatore chiede un riconoscimento canonico alla Chiesa di Roma presentando una lettera al Pontificio Consiglio per i Laici, il 29 giugno. Lo schema di vita viene ulteriormente meditato e dibattuto. Dalla nuova elaborazione vengono scritti la "Carta di Fondazione" e lo "Statuto", oltre ad un "Direttorio" che chiarisce come tradurre in pratica i concetti contenuti nei due precedenti documenti. La Santa Sede per più di 4 anni svolge le sue indagini e approfondisce le sue conoscenze sulla Comunità. Molti Cardinali e Vescovi che conoscono direttamente la vita e le attività della "Comunità Papa Giovanni XXIII" rendono testimonianza "della sua salda e fedele appartenenza alla Chiesa cattolica e del suo servizio evangelico e missionario".

1995
Nasce il Servizio Scuola dal desiderio di progettare e realizzare una "scuola del gratuito", costruita a partire dagli ultimi, che possa anche garantire l’integrazione scolastica delle persone disabili.
Per aiutare gli anziani che necessitano un sostegno nasce il Servizio Anziani.

1997 
Nasce il servizio Maternità Difficile e Vita, con l'obiettivo di aiutare le donne a portare alla nascita il bambino che hanno concepito. Per sensibilizzare su questo tema e sulla dignità dei nascituri si inizia a pregare davanti agli ospedali nei giorni in cui si pratica l'aborto.

1998
Il 7 ottobre il Pontificio Consiglio per i Laici riconosce la "Comunità Papa Giovanni XXIII" come Associazione internazionale privata di fedeli di diritto pontificio, con personalità giuridica a norma dei cann.298a e 321 Ð 329 del Codice di Diritto Canonico. Approva inoltre "ad experimentum" per 5 anni lo Statuto e la Carta di Fondazione.